國於2005年通過《原住民族基本法》，其中第4條規定「政府應依原住民族意願，保障原住民族之平等地位及自主發展，實行原住民族自治」，是為我國追求國際法精神、承認原住民族權利的一項進步。
惟2005年至今，落實原住民族自治的法案在行政部門內部以及行政、立法部門之間來回緩步衝折，尚未通過，其中的理由先是政黨二次輪替前朝小野大的不利情勢，後有政黨二次輪替後執政黨欲提出自己的法案版本的說法，現任原民會主委上任宣示《原住民族自治區法》為其優先推動之法案後，則為求務實可行，而重新擬出一避免衝擊現有縣市自治的草案版本。
務實可行，固然是現實權力運作下必須有的考量，但若是為求「可行」，而失去了原住民族自治之內涵，則這樣的自治就會產生有名而「無實」的危險。因此，對於原住民族自治之基本精神的掌握，就非常的重要。
歷來常有誤解原住民族自治者，以地方自治和原住民族自治作比擬，質疑原住民族自治後財政來源與治理能力等問題，但是原住民族自治並不等於地方自治，他們至少有幾個面向的差別：
首先，原住民族自治是國際法架構中所承認之民族自決權的一環，也就是說原住民族作為一個民族，有權決定自己的政治未來，包括和它所處的國家的維持怎樣的政治關係，而自治是行使自決權的一個選項。
這樣的自決權是因著原住民族固有主權（inherent sovereignty）而來的，是因為原住民族與其土地之間先於現代國家所存在的特殊關係而存在的；但就地方自治而言，地方自治是國家為了行政的效率、草根的參與、決策過程中充分的在地資訊等理由，進行去中心化（decentralization）的分權工作。兩者在權利的原理上有很大的不同。
此外，在層級上，地方自治是由隸屬於中央、權力低中央的區域性自治公法人（地方政府）在行使自治權限，但完整的民族自治則不應該只是一種地方政府層級的自治，而是以一個民族為單位的公法人（民族政府）和國家維持相對應的關係。易言之，民族政府也應有權參與到國家中和其相關事務的最高決策過程。
最重要的，在土地與自治財源上，原住民族自治政府對其土地的管轄，並不是國家委託或交付地方自治政府管理土地的關係，而是國家基於正義之回復，歸還原住民族因其固有主權而生的土地權利。
也正因為基於正義之回復，對於原住民族自治的財源，國家應該秉持彌補過去包括掠奪土地等錯誤歷史造成原住民族傷害的原則，對原住民族予以直接金錢的補償，或是財政發展計畫的支援。它和中央政府補助地方自治財源的概念亦是大有不同。
原住民自治，是基於對正義的恢復，在未來能有原住民主體性的展現（攝影/鐘聖雄）
（作者為政治大學民族學系助理教授）
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